A obtenção de cultivares geneticamentemelhorados, istoe,tolerantes aos fatores bióticos e abióticos, adaptados as condições edafoclimáticas de cada região, altamente produtivas e que atendem as demandas dos consumidores tem sido o objetivo dos programas de melhoramento de cacau no mundo. Mas, devido o cacau ser uma cultura perene em que os ciclos de cruzamentos e seleções sãolongos o os plantios vinham sendo feitos por meio de cultivares híbridos, os ganhos genéticos têm sido pequenos quando comparados aos ganhos genéticos de outras culturas. Felizmente, neste início de século XXI iniciou- se a seleção e plantio de cultivares clonais autocompatíveis, produtivos e resistentes aos fatores bióticos. Essa mudança de tipo de cultivar de híbrido para clone representa uma quebra de paradigma, que vai facilitar em muito a seleção de plantas, pois a seleção de clones é mais fácil, facilita também a obtenção de maiores ganhos genéticos e a formação de cultivosmais produtivose uniformes. Atualmente, com o cultivo de clones e bom manejo agronômico já é possível alcançar produtividades de 4500 kg/ha (esse valor já foi alcançado em experimentos de campo pela nossa equipe) e espera-se maiores produções com uso de novos porta enxertos e bom manejo agronômico.
Atualmente os cultivares clonais de cacau autocompatíveis, produtivos e tolerantes plantados nos estados da Bahia, Espírito Santo, Amazônia e em zonas de expansão (regiões de baixa precipitação pluviométrica) com irrigação são: PS1319, PS1030; SJ02, BN34; CC51, CCN10, SJ02, FA13, CEPEC2002, CP49, PH15 e PH16.
A partir de 2012 foi iniciado um programa de melhoramento pelo Prof. Dario Ahnert (UESC) com o objetivo de combinar características agronômicas dos 10 melhores cultivares clonais autocompatíveis. Utilizou-se um delineamento dialélico para cruzar as seguintes cultivares: CCN51, PS1319, SJ02, PH15, PH16, BN34, PS1030, CEPEC2002, CEPEC2004 e FA13. Um total de 46 famílias foram geradas e plantadas em blocos casualizados, com 5 repetições de 8 plantas cada (40 plantas por família). Após dois anos de avaliação (2015 e 2016/2017) foram selecionadas pelo menos 100 plantas com grande potencial de rendimento e que possuem bons componentes de rendimento. Existem plantas pequenas, médias e altas nessas 100 plantas selecionadas. Existem algumas plantas que têm um hábito ereto de crescimento que facilita a poda e o cultivo. Esses clones estão sendo testados para avaliar seu comportamento em diferentes locais e sistemas de cultivo no Brasil.
A etapa de teste de clones foi iniciada em 2020 e objetiva-se testar um total de 100 clones plagiotrópicos de cacau em diferentes locais e sistemas de cultivo além de 100 clones ortotrópicos em um único local.
